Publications by authors named "Sandrine Koechler"

25Publications

Effect of arsenite and growth in biofilm conditions on the evolution of sp. CB2.

Authors:
Kelle C Freel Stephanie Fouteau David Roche Julien Farasin Aline Huber Sandrine Koechler Martina Peres Olfa Chiboub Hugo Varet Caroline Proux Julien Deschamps Romain Briandet Rachel Torchet Stephane Cruveiller Didier Lièvremont Jean-Yves Coppée Valérie Barbe Florence Arsène-Ploetze

Microb Genom 2020 Oct;6(10)

Laboratoire Génétique Moléculaire, Génomique et Microbiologie, UMR7156, Institut de Botanique, CNRS - Université de Strasbourg, Strasbourg, France.

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October 2020

Phylogenomic Classification and Biosynthetic Potential of the Fossil Fuel-Biodesulfurizing Strain IGTS8.

Authors:
Dean Thompson Valérie Cognat Michael Goodfellow Sandrine Koechler Dimitri Heintz Christine Carapito Alain Van Dorsselaer Huda Mahmoud Vartul Sangal Wael Ismail

Front Microbiol 2020 7;11:1417. Epub 2020 Jul 7.

Environmental Biotechnology Program, Life Sciences Department, College of Graduate Studies, Arabian Gulf University, Manama, Bahrain.

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July 2020

High-Resolution Mapping of 3' Extremities of RNA Exosome Substrates by 3' RACE-Seq.

Authors:
Hélène Scheer Caroline De Almeida Natalia Sikorska Sandrine Koechler Dominique Gagliardi Hélène Zuber

Methods Mol Biol 2020 ;2062:147-167

Institut de Biologie Moléculaire des Plantes, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Strasbourg, Strasbourg, France.

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December 2020

In situ metabolic activities of uncultivated Ferrovum sp. CARN8 evidenced by metatranscriptomic analysis.

Authors:
Frédéric Plewniak Sandrine Koechler Denis Le Paslier Marina Héry Odile Bruneel Philippe N Bertin

Res Microbiol 2020 Jan - Feb;171(1):37-43. Epub 2019 Oct 10.

Génétique Moléculaire, Génomique et Microbiologie, UMR7156 CNRS Université de Strasbourg, Strasbourg, France.

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March 2020

Efficient Replication of the Plastid Genome Requires an Organellar Thymidine Kinase.

Authors:
Monique Le Ret Susan Belcher Stéfanie Graindorge Clémentine Wallet Sandrine Koechler Mathieu Erhardt Rosalind Williams-Carrier Alice Barkan José M Gualberto

Plant Physiol 2018 12 10;178(4):1643-1656. Epub 2018 Oct 10.

Institut de Biologie Moléculaire des Plantes, CNRS-UPR2357, Université de Strasbourg, 67084 Strasbourg, France

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December 2018

Organization of the TC and TE cellular T-DNA regions in Nicotiana otophora and functional analysis of three diverged TE-6b genes.

Authors:
Ke Chen François Dorlhac de Borne Nicolas Sierro Nikolai V Ivanov Malek Alouia Sandrine Koechler Léon Otten

Plant J 2018 04 23;94(2):274-287. Epub 2018 Mar 23.

Department of Molecular Mechanisms of Phenotypic Plasticity, Institut de Biologie Moléculaire des Plantes, Rue du Général Zimmer 12, 67084, Strasbourg, France.

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April 2018

Erratum to: Multiple controls affect arsenite oxidase gene expression in Herminiimonas arsenicoxydans.

Authors:
Sandrine Koechler Jessica Cleiss-Arnold Caroline Proux Odile Sismeiro Marie-Agnès Dillies Florence Goulhen-Chollet Florence Hommais Didier Lièvremont Florence Arsène-Ploetze Jean-Yves Coppé Philippe N Bertin

BMC Microbiol 2017 03 28;17(1):74. Epub 2017 Mar 28.

UMR7156 Génétique Moléculaire, Génomique et Microbiologie, CNRS Université de Strasbourg, 28 rue Goethe, 67000, Strasbourg, France.

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March 2017

Comparison of biofilm formation and motility processes in arsenic-resistant Thiomonas spp. strains revealed divergent response to arsenite.

Authors:
Julien Farasin Sandrine Koechler Hugo Varet Julien Deschamps Marie-Agnès Dillies Caroline Proux Mathieu Erhardt Aline Huber Bernd Jagla Romain Briandet Jean-Yves Coppée Florence Arsène-Ploetze

Microb Biotechnol 2017 07 7;10(4):789-803. Epub 2017 Feb 7.

Laboratoire Génétique moléculaire, Génomique et Microbiologie, UMR7156, CNRS and Université de Strasbourg, Institut de Botanique, Strasbourg, France.

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July 2017

Arsenite response in Coccomyxa sp. Carn explored by transcriptomic and non-targeted metabolomic approaches.

Authors:
Sandrine Koechler Philippe N Bertin Frédéric Plewniak Raymonde Baltenweck Corinne Casiot Hermann J Heipieper Olivier Bouchez Florence Arsène-Ploetze Philippe Hugueney David Halter

Environ Microbiol 2016 Apr 15;18(4):1289-300. Epub 2016 Feb 15.

Unité Mixte de Recherche Santé de la Vigne et Qualité du Vin, Equipe Métabolisme secondaire de la vigne INRA, 68021, Colmar, France.

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April 2016

Thiomonas sp. CB2 is able to degrade urea and promote toxic metal precipitation in acid mine drainage waters supplemented with urea.

Authors:
Julien Farasin Jérémy Andres Corinne Casiot Valérie Barbe Jacques Faerber David Halter Dimitri Heintz Sandrine Koechler Didier Lièvremont Raphael Lugan Marie Marchal Frédéric Plewniak Fabienne Seby Philippe N Bertin Florence Arsène-Ploetze

Front Microbiol 2015 28;6:993. Epub 2015 Sep 28.

Laboratoire Génétique Moléculaire, Génomique et Microbiologie, UMR7156, Université de Strasbourg - Centre National de la Recherche Scientifique, Institut de Botanique Strasbourg, France.

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October 2015

Adaptation in Toxic Environments: Arsenic Genomic Islands in the Bacterial Genus Thiomonas.

Authors:
Kelle C Freel Martin C Krueger Julien Farasin Céline Brochier-Armanet Valérie Barbe Jeremy Andrès Pierre-Etienne Cholley Marie-Agnès Dillies Bernd Jagla Sandrine Koechler Yann Leva Ghislaine Magdelenat Frédéric Plewniak Caroline Proux Jean-Yves Coppée Philippe N Bertin Hermann J Heipieper Florence Arsène-Ploetze

PLoS One 2015 30;10(9):e0139011. Epub 2015 Sep 30.

Laboratoire Génétique Moléculaire, Génomique et Microbiologie, UMR7156, CNRS-Université de Strasbourg, Département Microorganismes, Génomes, Environnement, Equipe Ecophysiologie Moléculaire des Microorganismes, Institut de Botanique, Strasbourg, France.

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May 2016

Toxic metal resistance in biofilms: diversity of microbial responses and their evolution.

Authors:
Sandrine Koechler Julien Farasin Jessica Cleiss-Arnold Florence Arsène-Ploetze

Res Microbiol 2015 Dec 11;166(10):764-73. Epub 2015 Apr 11.

Laboratoire Génétique Moléculaire, Génomique et Microbiologie, UMR7156, CNRS-Université de Strasbourg, Département Microorganismes, Génomes, Environnement, Equipe Ecophysiologie Moléculaire des Microorganismes, Institut de Botanique, 28 Rue Goethe, 67083, Strasbourg, France. Electronic address:

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December 2015

Constitutive arsenite oxidase expression detected in arsenic-hypertolerant Pseudomonas xanthomarina S11.

Authors:
Sandrine Koechler Florence Arsène-Ploetze Céline Brochier-Armanet Florence Goulhen-Chollet Audrey Heinrich-Salmeron Bernard Jost Didier Lièvremont Muriel Philipps Frédéric Plewniak Philippe N Bertin Marie-Claire Lett

Res Microbiol 2015 Apr 6;166(3):205-14. Epub 2015 Mar 6.

UMR7156 Université de Strasbourg/CNRS Génétique Moléculaire, Génomique, Microbiologie, Département Micro-organismes, Génomes, Environnement, 28 rue Goethe, 67083 Strasbourg Cedex, France. Electronic address:

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April 2015

Genome Sequence of Halomonas sp. Strain A3H3, Isolated from Arsenic-Rich Marine Sediments.

Authors:
Sandrine Koechler Frédéric Plewniak Valérie Barbe Fabienne Battaglia-Brunet Bernard Jost Catherine Joulian Muriel Philipps Serge Vicaire Stéphanie Vincent Tao Ye Philippe N Bertin

Genome Announc 2013 Oct 10;1(5). Epub 2013 Oct 10.

UMR7156 Université de Strasbourg/CNRS, Génétique Moléculaire, Génomique, Microbiologie, Département Micro-organismes, Genome, Environnement, Strasbourg, France.

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October 2013

Metagenomic insights into microbial metabolism affecting arsenic dispersion in Mediterranean marine sediments.

Authors:
Frédéric Plewniak Sandrine Koechler Benjamin Navet Eric Dugat-Bony Olivier Bouchez Pierre Peyret Fabienne Séby Fabienne Battaglia-Brunet Philippe N Bertin

Mol Ecol 2013 Oct 3;22(19):4870-83. Epub 2013 Sep 3.

Département Microorganismes, Génomes, Environnement, Génétique Moléculaire, Génomique et Microbiologie, UMR7156 Université de Strasbourg/CNRS, 28 rue Goethe, 67083, Strasbourg Cedex, France.

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October 2013

Life in an arsenic-containing gold mine: genome and physiology of the autotrophic arsenite-oxidizing bacterium rhizobium sp. NT-26.

Authors:
Jérémy Andres Florence Arsène-Ploetze Valérie Barbe Céline Brochier-Armanet Jessica Cleiss-Arnold Jean-Yves Coppée Marie-Agnès Dillies Lucie Geist Aurélie Joublin Sandrine Koechler Florent Lassalle Marie Marchal Claudine Médigue Daniel Muller Xavier Nesme Frédéric Plewniak Caroline Proux Martha Helena Ramírez-Bahena Chantal Schenowitz Odile Sismeiro David Vallenet Joanne M Santini Philippe N Bertin

Genome Biol Evol 2013 ;5(5):934-53

Laboratoire Génétique Moléculaire, Génomique et Microbiologie, UMR7156 CNRS Université de Strasbourg, Strasbourg, France.

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December 2013

Subinhibitory arsenite concentrations lead to population dispersal in Thiomonas sp.

Authors:
Marie Marchal Romain Briandet David Halter Sandrine Koechler Michael S DuBow Marie-Claire Lett Philippe N Bertin

PLoS One 2011 18;6(8):e23181. Epub 2011 Aug 18.

Génétique Moléculaire, Génomique et Microbiologie, UMR7156 CNRS & Université de Strasbourg, Strasbourg, France.

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December 2011

Metabolic diversity among main microorganisms inside an arsenic-rich ecosystem revealed by meta- and proteo-genomics.

Authors:
Philippe N Bertin Audrey Heinrich-Salmeron Eric Pelletier Florence Goulhen-Chollet Florence Arsène-Ploetze Sébastien Gallien Béatrice Lauga Corinne Casiot Alexandra Calteau David Vallenet Violaine Bonnefoy Odile Bruneel Béatrice Chane-Woon-Ming Jessica Cleiss-Arnold Robert Duran Françoise Elbaz-Poulichet Nuria Fonknechten Ludovic Giloteaux David Halter Sandrine Koechler Marie Marchal Damien Mornico Christine Schaeffer Adam Alexander Thil Smith Alain Van Dorsselaer Jean Weissenbach Claudine Médigue Denis Le Paslier

ISME J 2011 Nov 12;5(11):1735-47. Epub 2011 May 12.

Génétique Moléculaire, Génomique et Microbiologie, UMR7156 CNRS and UdS, Strasbourg, France.

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November 2011

Temporal transcriptomic response during arsenic stress in Herminiimonas arsenicoxydans.

Authors:
Jessica Cleiss-Arnold Sandrine Koechler Caroline Proux Marie-Laure Fardeau Marie-Agnès Dillies Jean-Yves Coppee Florence Arsène-Ploetze Philippe N Bertin

BMC Genomics 2010 Dec 17;11:709. Epub 2010 Dec 17.

Département Microorganismes, UMR7156 Université de Strasbourg/CNRS, Génétique Moléculaire, Génomique et Microbiologie, 28 rue Goethe, 67083 Strasbourg cedex, France.

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December 2010

Structure, function, and evolution of the Thiomonas spp. genome.

Authors:
Florence Arsène-Ploetze Sandrine Koechler Marie Marchal Jean-Yves Coppée Michael Chandler Violaine Bonnefoy Céline Brochier-Armanet Mohamed Barakat Valérie Barbe Fabienne Battaglia-Brunet Odile Bruneel Christopher G Bryan Jessica Cleiss-Arnold Stéphane Cruveiller Mathieu Erhardt Audrey Heinrich-Salmeron Florence Hommais Catherine Joulian Evelyne Krin Aurélie Lieutaud Didier Lièvremont Caroline Michel Daniel Muller Philippe Ortet Caroline Proux Patricia Siguier David Roche Zoé Rouy Grégory Salvignol Djamila Slyemi Emmanuel Talla Stéphanie Weiss Jean Weissenbach Claudine Médigue Philippe N Bertin

PLoS Genet 2010 Feb 26;6(2):e1000859. Epub 2010 Feb 26.

Génétique Moléculaire, Génomique et Microbiologie, UMR7156 CNRS and Université de Strasbourg, Strasbourg, France.

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February 2010